Kromozom konformasyon yakalama (3C) tabanlı yöntemler kromatin boyunca nokta çiftlerinin fiziksel yakınlığını belirleyerek çekirdek içindeki kromozom organizasyonunu ortaya çıkarır. Kromatin etkileşimlerini çapraz bağlama ve ardından etkileşimli bölgelerin parçalanması, bağlanması ve sıralanması yoluyla korurlar.
Kromozom konformasyonu yakalama nasıl çalışır?
Kromozom konformasyonunu çip üzerinde yakalama (4C) bir lokus ve diğer tüm genomik lokuslar arasındaki etkileşimleri yakalar. Ters PCR gerçekleştirmek için kullanılan kendi kendine sirkülerleştirilmiş DNA fragmanları oluşturmak için ikinci bir ligasyon adımını içerir. … Tek bir mikrodizide yaklaşık bir milyon etkileşim analiz edilebilir.
Kromatin konformasyonu yakalama nedir?
Kromatin Konformasyon Yakalama (3C), kromatin yapısını incelemek için kullanılan önemli bir tekniktir ve ayrıca diğer birkaç türev tekniğinin temelidir. … Protokol, hücrelerin formaldehit çapraz bağlanmasını, ardından kromatin izolasyonunu ve bir kısıtlama enzimi ile sindirimi içerir.
Hi-C sıralaması nasıl çalışır?
Hi-C yaklaşımı, 3C-Seq'i kromatin temaslarını genom çapında haritalamak için genişletir ve aynı zamanda in situ kromatin etkileşimlerini incelemek için de uygulanmıştır. Bu yöntemde, DNA-protein kompleksleri formaldehit ile çapraz bağlanır. Örnek parçalanır ve DNA özütlenir, bağlanır ve kısıtlama enzimleri ile sindirilir.
Hi-C tekniği nedir?
Klasik Hi-C tekniği diziye özgü kısıtlama enzimleri ile formaldehit çapraz bağlı bir genomun kısıtlama sindirimini içerir, ardından aşağıdakilerin eklenmesiyle sindirilmiş uçların doldurulması ve onarılması biotine bağlı nükleotidler. Onarılan uçlar daha sonra yeniden bağlanır.
