Homoloji modelleri aynı zamanda hepsi yapısal olarak çözülmemiş olan ilgili proteinler arasındaki ince farkları belirlemek için de kullanılabilir . Örneğin, yöntem Na+/K+ ATPase üzerindeki katyon bağlanma yerlerini belirlemek ve farklı ATPaz'ların bağlanma afinitesi hakkında hipotezler önermek için kullanıldı..
Homoloji modelleri ne için kullanılır?
Homoloji modellemesi, proteinin 3D yapısını amino asit dizisinden belirlemek için kullanılan kullanılan hesaplamalı yapı tahmin yöntemlerinden biridir. Hesaplamalı yapı tahmin yöntemlerinin en doğrusu olarak kabul edilir. Basit ve uygulaması kolay birden fazla adımdan oluşur.
Homoloji modellemesi nedir ve neden gereklidir?
Homoloji modellemesi, şablon ve hedef diziler arasındaki benzerliğe dayalı olarak hedef proteinin üç boyutlu yapısını elde eder ve bu teknik, zar proteinlerini incelemek söz konusu olduğunda verimli olduğunu kanıtlar. GPCR gibi kristalize edilmesi zordur çünkü daha yüksek derecede bir anlayış sağlar …
Bir homoloji modelini nasıl yaparsınız?
homoloji modellemede birkaç adım vardır
- Hedef dizinizi kullanarak şablon seçimi. Bu amaçla, mevcut tüm protein yapılarına (PDB'ler) karşı BLASTp araması yapabilirsiniz. …
- Şablon ve hedef dizinin hizalanması. …
- Modelinizin kalitesi. …
- İyileştirmebuna göre modelinizin.
İyi bir homoloji Modelleme yapan nedir?
ampirik yapıdan <=2 Å rmsd'ye sahip bir "son derece başarılı homoloji modeli" tanımlarsak, o zaman şablonun başarı için hedefle >=%60 dizi özdeşliğine sahip olması gerekir oran >70%. Yüksek dizi özdeşliklerinde bile (%60-%95), on homoloji modelinden birinde rmsd >5 Å vs. vardır.
